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Kubo vive tranquilamente en un pequeño y normal pueblo hasta que un espíritu del pasado vuelve su vida patas arriba, al reavivar una venganza. Esto causa en Kubo multitud de malos tragos al verse perseguido por dioses y monstruos. Si de verdad Kubo quiere sobrevivir, antes debe localizar una armadura mágica que una vez fue vestida por su padre, un legendario guerrero samurái.